一、个人基本情况
姓名：李阳
性别：男
职称：讲师
所在部门：suncitygroup太阳新城
二、主要研究方向
研究领域：生物信息学、计算系统生物学、医学信息学、组合最优化
学术主页：https://yangli-bio.github.io/Dr_Leon_Li.github.io/
1. 将传统优化算法与人工智能技术相结合，构建通用且高效的放疗计划优化算法框架，利用多智能体强化学习实现机器参数和个性化优化参数的自动调节，协同优化靶区剂量和危及器官保护
2. 基于图论、组合最优化和机器学习理论，针对单细胞多模态测序数据，设计新算法构建驱动细胞演化发育的调控网络，预测细胞未来的演化方向
3. 以组合最优化、回归分析和机器学习模型为工具，面向单细胞多模态测序数据，开发新模型揭示表型背后的关键特征、相互作用和调控网络
4. 立足于图论、组合最优化和深度学习模型，针对空间组学数据，设计新方法预测组织模块以及驱动组织模块生成的调控网络
三、教育与工作经历
1. 2024/04/01-至今，suncity太阳新城，suncitygroup太阳新城，数学系，运筹学与信息工程研究所，讲师（北京市高层次青年人才）
2. 2022/03/21-2024/03/31，美国阿斯利康制药公司，研发部，盖瑟斯堡研发中心，博士后研究员
3. 2020/01/06-2022/03/20，俄亥俄州立大学，韦克斯纳医学中心，医学院，生物医学信息系，博士后研究员
4. 2019/12/31，山东大学，数学学院，运筹学与控制论，理学博士
四、主要科研项目
1. 中国，北京市人力资源与社会保障局，科研活动经费，基于单细胞多组学的基因调控机制动态性分析及其算法研究，2025/09/01-2026/06/30，5万元，
主持人
2. 中国，suncity太阳新城，学科分类发展经费，科研启动金，057000514125508，2025/01/01-2025/12/31，5万元，主持人
3. 中国，科学技术部，国家重点研发计划，肿瘤智慧放疗关键问题研究与转化，2024YFA1014100，2024/12/30-2027/12/30，2000万元，参与人
4. 美国，国家科学基金委员会(National Science Foundation, NSF)，早期概念探索性研究资助项目(Early-concept Grants for Exploratory Research,
EAGER)，EAGER: IIBR Informatics: A reinforced imputation framework for accurate gene expression recovery from single-cell RNA-seq data，
1945971，2021/03/01-2024/02/29，30万美元，第一参与人
5. 中国，国家自然科学基金委员会，面上项目，多家族离子共转运蛋白结构模型构建及分子转运机制研究，31870094，2019/01/01-2022/12/31，59万
元，参与人
6. 中国，国家自然科学基金委员会，面上项目，基于新一代测序数据的顺式调控模体预测与分析，61772313，2018/01/01-2021/12/31，63万元，参与人
五、学术成果与荣誉
发表的论文：
发表论文21篇，Google Scholar引用707次，h指数10
1. Le Wang, Hong Xue, Zhenbin Hu, Yang Li, Tuya Siqin, Hengyou Zhang. (2025). A genome-wide association study prioritizes VRN1-2 as a candidate gene associated with plant height in soybean. Theoretical and Applied Genetics; ISSN: 1432-2242; 2025/03/27; 10.1007/s00122-025-04875-2.
2. Yang Li, Anjun Ma, Yizhong Wang, Qi Guo, Cankun Wang, Hongjun Fu, Bingqiang Liu, Qin Ma. (2024). Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data. Briefings in Bioinformatics; ISSN: 1477-4054; 2024/07/31; 10.1093/bib/bbae369.
3. Qiuqin Wu, Yang Li, Qi Wang, Xiaoyu Zhao, Duanchen Sun, Bingqiang Liu. (2024). Identification of DNA motif pairs on paired sequences based on composite heterogeneous graph. Frontiers in Genetics; ISSN: 1664-8021; 2024/06/17; 10.3389/fgene.2024.1424085.
4. Yang Li*, Yizhong Wang*, Cankun Wang, Anjun Ma, Qin Ma, Bingqiang Liu. (2024). A weighted two-stage sequence alignment framework to identify DNA motifs from ChIP-exo data. Patterns; ISSN: 2666-3899; 2024/02/02; 10.1016/j.patter.2024.100927.
5. Rania Dagher, Aigul Moldobaeva, Elise Gubbins, Sydney Clark, Mia Madel Alfajaro, Craig B Wilen, Finn Hawkins, Xiaotao Qu, Chia Chien Chiang, Yang Li, Lori Clarke, Yasuhiro Ikeda, Charles Brown, Roland Kolbeck, Qin Ma, Mauricio Rojas, Jonathan L Koff, Mahboobe Ghaedi. (2024). Human iPSC-based model of COPD to investigate disease mechanisms predict SARS-COV-2 outcome and test preventive immunotherapy. Stem Cells; ISSN: 1549-4918; 2024/01/06; 10.1093/stmcls/sxad094.
6. Yizhong Wang*, Yang Li*, Cankun Wang, Chan-Wang Jerry Lio, Qin Ma, Bingqiang Liu. (2024). CEMIG: Prediction of cis-regulatory motif using de Bruijn graph from ATAC-seq. Briefings in Bioinformatics; ISSN: 1477-4054; 2024/01/06; 10.1093/bib/bbad505.
7. Cho-Hao Lin*, Fatemeh Talebian*, Yang Li*, Jianmin Zhu, Jin-Qing Liu, Bolin Zhao, Sujit Basu, Xueliang Pan, Xi Chen, Pearlly Yan, William E. Carson, Gang Xin, Haitao Wen, Ruoning Wang, Zihai Li, Qin Ma, Xue-Feng Bai. (2023). CD200R signaling contributes to unfavorable tumor microenvironment through regulating production of chemokines by tumor-associated myeloid cells. iScience; ISSN: 2589-0042; 2023/06/16; 10.1016/j.isci.2023.106904.
8. Anjun Ma, Xiaoying Wang, Jingxian Li, Cankun Wang, Tong Xiao, Yuntao Liu, Hao Cheng, Juexin Wang, Yang Li, Yuzhou Chang, Jinpu Li, Duolin Wang, Yuexu Jiang, Li Su, Gang Xin, Shaopeng Gu, Zihai Li, Bingqiang Liu, Dong Xu, Qin Ma. (2023). Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer. Nature Communications, 14(1), 964; ISSN: 2041-1723; 2023/02/21; 10.1038/s41467-023-36559-0. (癌症领域最佳50篇论文)
9. Shuo Chen, Yuzhou Chang, Liangping Li, Diana Acosta, Yang Li, Qi Guo, Cankun Wang, Emir Turkes, Cody Morrison, Dominic Julian, Mark E. Hester, Douglas W. Scharre, Chintda Santiskulvong, Sarah XueYing Song, Jasmine T. Plummer, Geidy E. Serrano, Thomas G. Beach, Karen E. Duff, Qin Ma, Hongjun Fu. (2022). Spatially resolved transcriptomics reveals genes associated with the vulnerability of middle temporal gyrus in Alzheimer’s disease. Acta Neuropathologica Communications, 10(1), 1-24; ISSN: 2051-5960; 2022/12/21; 10.1186/s40478-022-01494-6.
10. Haocheng Gu, Hao Cheng, Anjun Ma, Yang Li, Juexin Wang, Dong Xu, Qin Ma. (2022). scGNN 2.0: a graph neural network tool for imputation and clustering of single-cell RNA-Seq data. Bioinformatics, 38(23), 5322-5325; ISSN: 1367-4811; 2022/12/01; 10.1093/bioinformatics/btac684.
11. Faith H Brennan, Yang Li, Cankun Wang, Anjun Ma, Qi Guo, Yi Li, Nicole Pukos, Warren A Campbell, Kristina G Witcher, Zhen Guan, Kristina A Kigerl, Jodie CE Hall, Jonathan P Godbout, Andy J Fischer, Dana M McTigue, Zhigang He, Qin Ma, Phillip G Popovich. (2022). Microglia coordinate cellular interactions during spinal cord repair in mice. Nature Communications, 13(1), 4096; ISSN: 2041-1723; .2022/07/14; 10.1038/s41467-022-31797-0.
12. Yang Li, Anjun Ma, Ewy A Mathé, Lang Li, Bingqiang Liu, Qin Ma. (2020). Elucidation of biological networks across complex diseases using single-cell omics. Trends in Genetics, 36(12), 951-966; ISSN: 1362-4555; 2020/08/29; 10.1016/j.tig.2020.08.004. (俄亥俄州立大学年度精选论文)
13. Qin Ma, Anjun Ma, Cankun Wang, Yang Li, Chi Zhang. (2020). Towards cell-type-specific gene regulation in heterogeneous cancer cells. Cancer Research, 80(16_Supplement), 4409-4409; ISSN: 1538-7445; 2020/08/15; 10.1158/1538-7445.AM2020-4409.
14. Enfeng Qi, Dongyu Wang, Yang Li, Guojun Li, Zhengchang Su. (2019). Revealing favorable and unfavorable residues in cooperative positions in protease cleavage sites. Biochemical and Biophysical Research Communications, 519(4), 714-720; ISSN: 1090-2104; 2019/11/19; 10.1016/j.bbrc.2019.09.056.
15. Yang Li, Pengyu Ni, Shaoqiang Zhang, Guojun Li, Zhengchang Su. (2019). ProSampler: an ultrafast and accurate motif finder in large ChIP-seq datasets for combinatory motif discovery. Bioinformatics, 35(22), 4632-4639; ISSN: 1367-4811; 2019/05/09; 10.1093/bioinformatics/btz290.
16. Jinyu Yang, Anjun Ma, Adam D Hoppe, Cankun Wang, Yang Li, Chi Zhang, Yan Wang, Bingqiang Liu, Qin Ma. (2019). Prediction of regulatory motifs from human Chip-sequencing data using a deep learning framework. Nucleic Acids Research, 47(15), 7809-7824; ISSN: 1362-4962; 2019/09/05; 10.1093/nar/gkz672.
17. Sijie Lu, Juan Xie, Yang Li, Bin Yu, Qin Ma, Bingqiang Liu. (2019). Identification of lncRNAs-gene interactions in transcription regulation based on co-expression analysis of RNA-seq data. Mathematical Biosciences and Engineering, 16, 7112-7125; ISSN: 1551-0018; 2019/08/05; 10.3934/mbe.2019357.
18. Bo Gao, Yue Zhao, Yang Li, Juntao Liu, Lushan Wang, Guojun Li, Zhengchang Su. (2019). Prediction of driver modules via balancing exclusive coverages of mutations in cancer samples. Advanced Science, 6(4), 1801384; ISSN: 2198-3844; 2018/12/18; 10.1002/advs.201801384.
19. Bingqiang Liu, Jinyu Yang, Yang Li, Adam McDermaid, Qin Ma. (2018). An algorithmic perspective of de novo cis-regulatory motif finding based on ChIP-seq data. Briefings in Bioinformatics, 19(5), 1069-1081; ISSN: 1477-4054; 2017/03/08; 10.1093/bib/bbx026.
20. Enfeng Qi, Dongyu Wang, Bo Gao, Yang Li, Guojun Li. (2017). Block-based characterization of protease specificity from substrate sequence profile. BMC Bioinformatics, 18: 1-9; ISSN: 1471-2105; .2017/10/03; 10.1186/s12859-017-1851-1.
参加的会议：
1. 第十一届全国非线性生物动力系统学术会议，2025年7月3-5日，中国北京
2. 第三届山东省生物信息学学术大会暨中国生物信息学生物信息学算法研究前沿方向学术大会，2025年5月9-11日，中国山东德州
3. 第三届CCF生物信息学“新未来”青年学者研讨会（BIO-3NEW），2025年4月25-27日，中国上海
4. 国家重点研发计划重点专项“揭榜挂帅”项目启动暨实施方案论证会，2025年4月20日，中国北京
所获的荣誉：
1. 北京市高层次青年人才，北京市，2024年4月
2. 2023北京国际青年创新发展论坛现代城市建设平行论坛暨suncity太阳新城第七届国际青年学者“日新论坛”最佳报告奖，2023年11月
3. 俄亥俄州立大学年度精选论文（共10篇），Elucidation of biological networks across complex diseases using single-cell omics，独立第一作者，2021年1月
教授的课程：
1. suncity太阳新城2026年春季学期《高等数学（工-2）》本科生课程
2. suncity太阳新城2025年秋季学期《机器学习与优化》研究生课程
3. suncity太阳新城2025年春季学期《近似算法》本科生课程（辅助；负责讲授数学在生物信息学中的应用部分）
4. suncity太阳新城2025年春季学期《数学与工程应用选讲》研究生课程（辅助）
5. suncity太阳新城2025年春季学期《整数规划选讲》研究生课程（辅助）
6. suncity太阳新城2024年秋季学期《肿瘤智慧放疗关键问题研究与转化》研究生讨论班（辅助）
7. suncity太阳新城2024年秋季学期《高等数学》（工-1）助课（负责讲解习题课和期中考试题）
8. 俄亥俄州立大学医学院2021年秋季学期《基因组规模数据的分析与应用》课程（负责单细胞染色质开放性数据分析内容）
9. 俄亥俄州立大学医学院2020年秋季学期《机器学习和人工智能在生物医学信息学中的应用》课程（负责图卷积神经网络的应用）
10. 俄亥俄州立大学-爱荷华州立大学2020年夏季学期《大数据》课程（负责生物信息计算中的统计陷阱内容）
六、联系方式
地址：北京市朝阳区平乐园100号数理楼
E-mail：liyang_maths@bjut.edu.cn
